Époque coloniale : Portugais, Néerlandais, Britanniques
En 1511, le Portugais Afonso de Albuquerque a conquis Malacca — la fin du sultanat et le début de 450 ans d'ingérence européenne. Les Portugais ont construit la forteresse A Famosa (dont les ruines subsistent encore aujourd'hui à Malacca) et contrôlaient le commerce des épices, mais n'ont jamais pu redonner à la ville son éclat d'antan.
En 1641, les Néerlandais ont pris le contrôle de Malacca (avec des alliés locaux) et ont réaménagé la ville — les bâtiments rouges du Dutch Square à Malacca (Stadthuys, Christ Church) datent de cette époque. Les Néerlandais étaient surtout intéressés par le monopole des épices et ont négligé Malacca au profit de Batavia (Jakarta).
En 1786, la Compagnie britannique des Indes orientales a fondé une station commerciale à Penang — le capitaine Francis Light a reçu l'île du sultan de Kedah en échange d'une protection militaire (que les Britanniques n'ont jamais fournie). En 1824, les Britanniques ont également pris le contrôle de Malacca, et en 1826, ils ont uni Penang, Malacca et Singapour pour former les Straits Settlements.
Au 19ème siècle, les Britanniques ont étendu leur influence à l'ensemble de la péninsule — officiellement en tant que « conseillers » des sultans malais, mais en fait en tant que colonisateurs. Ils ont amené deux groupes qui allaient changer la Malaisie à jamais : les travailleurs chinois pour les mines d'étain et les travailleurs indiens pour les plantations de caoutchouc. Cette division ethnique en trois — Malais, Chinois, Indiens — marque la Malaisie jusqu'à aujourd'hui.
